Integrated Genome Browser
| Versie |
9 |
| Platforms | |
| Licentie | Open Source |
| Categorie | Scientific |
| Meer informatie
(bezoek de website van de uitgever)
|
Software Review
Hoofdfuncties
- Ondersteunt verschillende genoomindelingen zoals GenBank en FASTA
- Interactie met gegevens met animaties voor zoomen en pannen
- Genomen openen en laden van QuickLoad-sites
- Gegevens omzetten in verschillende grafiekvormen
- Gegevens delen met bijdragers via Dropbox
- Plug-ins installeren voor extra functionaliteit
Integrated Genome Browser (IGB) is een open source-programma dat wordt gebruikt om grote genomische datasets te bekijken en te verkennen. U kunt verschillende gegevensindelingen bekijken, communiceren met uw gegevens, grafieken maken, uw informatie opslaan als afbeeldingen en uw gegevens delen met bijdragers.
Met IGB kunt u gegevens van annotaties en uitgelijnde reeksen bekijken. Het programma ondersteunt verschillende formaten, zoals FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband en GenBank. U kunt gegevens opnemen en deze omzetten in verschillende grafiekvormen, inclusief mismatchgrafieken voor het benadrukken van gegevensverschillen en dieptegrafieken voor het weergeven van de dekking. U kunt ook communiceren met uw gegevens via de animaties voor zoomen en pannen van IGB.
Met IGB kunt u genomen van QuickLoad-sites openen en laden, eenvoudige systemen van mappen, reeksen en andere gegevensbestanden voor visualisatiedoeleinden. IGB biedt geavanceerde functionaliteit met ondersteuning voor plug-ins om functionaliteit en werkstroomautomatisering toe te voegen door het gebruik van scripts. IGB biedt u ook geavanceerde functies voor het delen van uw gegevens, ongeacht of deze worden gepubliceerd als een hoogwaardige JPEG-, PNG- of SVG-afbeelding of als gegevensopslag in Dropbox om uw bijdragers toegang te geven tot uw project.
IGB is voornamelijk gebruikt door universitaire onderzoekers, biologen en bioinformatici. Het biedt geavanceerde hulpmiddelen voor het openen van verschillende genoomgegevensformaten, het visualiseren van gegevens als verschillende grafieken en het delen van gegevens met medewerkers. Helaas vertrouwt het programma op subsidies voor voortdurende ontwikkeling, wat betekent dat de ondersteuning voor de toepassing op elk moment kan stoppen. Integrated Genome Browser is echter nog steeds een geschikt, aanpasbaar programma voor gebruikers die hun genoomgegevens willen verkennen en analyseren.
Bijgewerkt: 29 juni 2016
▶ Primaire bestandsextensie
▶ Andere bestandsextensies gebruikt Integrated Genome Browser 9
| Ondersteunde bestandstypes | |
|---|---|
| .BED | UCSC BED Annotation Track File |
| .GB | GenBank Data File |
| .FASTA | FASTA Sequence File |
| .DAS | DeltaMaster Analysis Session |
| .SGR | SGR Genome Data File |
| .FA | FASTA Formatted Sequence File |
| .USEQ | USeq Genome Data File |
| .FAS | FASTA Sequence File |
| Extra gerelateerde bestandsindelingen |
|---|